Mission

Next Generation Sequenzierung (NGS) und die bioinformatische Auswertung von Einzelzell- Transkriptom Daten (scRNA), Whole Exome Sequenzierungen (WES), Genom-(WGS) und Metagenomsequenzierungen (MGS) zur Erforschung der Tumor Plastizität und der entsprechenden „Tumorumgebung“, die sich aus Immunzellen, Blutgefäßen und assoziierte Mikroben zusammensetzt.

Forschung

Krebszellen verändern nicht nur durch Mutationen ihr Gen Expressionsprofil und Ihre Differenzierung im Zellverband, sondern beeinflussen auch ihre Umgebung im Stroma (Immunzellen und Blutgefäße), sowie die mikrobielle Besiedelung (Metagenom).  Von unserer Arbeitsgruppe werden klinische Proben von non Lungenkarzinomen (NSCLC), Kolorectalkarzinomen (CRC) und Pankreaskarzinomen (PDAC) mittels Einzelzellanalysen (scRNA-Sequenzierungen) untersucht und bioinformatisch ausgewertet.  Zudem werden aus hochauflösendem Tumor- bzw. Normaldaten die Mutationslast „Tumor-Mutation-Burden“, auch als TMB bezeichnet, die Mikrosatelliteninstabilität (MSI) und die Homologe-Rekombinationsdefizienz (HRD), beides Parameter für das Fehlen von DNA-Reparaturmechanismen, berechnet. 

Ein weites spannendes Projekt befasst sich mit der mikrobiellen Besiedelung von Tumoren und dem Ansprechen auf neue Immuntherapien. Hierzu werden sämtliche Mikroben und Viren im Gewebe mittels NGS – Metagenom-Analysen erfasst und bioinformatisch ausgewertet.

Forschungsmitglieder

Agnieszka Martowicz, PhD

Projektleiterin

Agnieszka.Martowicz@i-med.ac.at

Gerold Untergasser, PD. PhD

Kooperationspartner

Wir helfen mit, die molekularen
Ursachen der Krebsentstehung zu verstehen.

Veröffentlichungen

Ausgewählte Publikationen

  • Vidal-Calvo E. E., Martin-Salazar A., Choudhary S., Dagil R., Raghavan S. S. R., Duvnjak L., Nordmaj M. A., Clausen T. M., Skafte A., Oberkofler J., Wang K., Agerbæk M. Ø., Løppke C., Jørgensen A. M., Ropac D., Mujollari J., Willis S., Garcias López A., Miller R. L., Karlsson R. T. G., Goerdeler F., Chen Y. H., Colaço A. R., Wang Y., Lavstsen T., Martowicz, A., Nelepcu I., Marzban M., Oo H. Z., Ørum-Madsen M. S., Wang Y., Nielsen M. A., Clausen H., Wierer M., Wolf D., Gögenur I., Theander T. G., Al-Nakouzi N., Gustavsson T., Daugaard M. & Salanti A. Tumor-agnostic cance therapy using antibodies targeting oncofetal chondroitin sulfate. Nat Commun., 15(1):7553. (2024).
  • Salcher S., Heidegger I., Untergasser, G., Fotakis G., Scheiber A., Martowicz, A., Noureen A., Krogsdam A., Schatz C., Schäfer G., Trajanoski Z., Wolf D., Sopper S. & Pircher A. Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues. Heliyon, 10(7):e28358. (2024).
  • Salcher, S., Sturm, G., Horvath, L., Untergasser, G., Kuempers, C., Fotakis, G., Panizzolo, E., Martowicz, A., Trebo, M., Pall, G., Gamerith, G., Sykora, M., Augustin, F., Schmitz, K., Finotello, F., Rieder, D., Perner, S., Sopper, S., Wolf, D., Pircher, A. & Trajanoski, Z. High-resolution single-cell atlas reveals diversity and plasticity of tissue-resident neutrophils in non-small cell lung cancer. Cancer Cell, 40(12):1503-1520.e8. (2022).
  • Pichler R., Siska P. J., Tymoszuk P., Martowicz, A., Untergasser, G., Mayr R., Weber F., Seeber A., Kocher F., Barth D. A., Pichler M. & Thurnher M. A chemokine network of T cell exhaustion and metabolic reprogramming in renal cell carcinoma. Front Immunol, 14:1095195. (2023).
  • Kocher F., Puccini A., Untergasser, G., Martowicz, A., Zimmer K., Pircher A., Baca Y., Xiu J., Haybaeck J., Tymoszuk P., Goldberg R. M., Petrillo A., Shields A. F., Salem M. E., Marshall J. L., Hall M., Korn W. M., Nabhan C., Battaglin F., Lenz H. J., Lou E., Choo S. P., Toh C. K., Gasteiger S., Pichler R., Wolf D. & Seeber A. Multi-omic Characterization of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Relates CXCR4 mRNA Expression Levels to Potential Clinical Targets. Clin Cancer Res., 28(22):4957-4967. (2022).

Alle Publikationen

www.pubmed.ncbi.nlm.nih.gov